W dniu 1 września 1939 r. Niemcy hitlerowskie napadły na Polskę. Większość mężczyzn zmobilizowano do wojska, a teren Tarnowa i okolic zostaje wielokroć bombardowany. Część ludności furmankami i pieszo ucieka przed Niemcami w kierunku północno - wschodnim (Pilzno, Dębica).

Za wycofującymi się z większych walk wojskami polskimi w dniu 7 września 1939 r. wkroczyły na teren gromady od strony Zakliczyna i Janowic wojska hitlerowskie.

Po pewnym czasie wracają uciekinierzy. Wielu z nich przeszło pod Lwów, a nawet znalazło się poza granicami kraju. Organizuje się Zarząd gminy z Wójtem Edmundem Heinrichem - Niemcem, rządcą, ze dworu Kobyłeckiego w Janowicach. Hitlerowcy prowadzą ucisk ekonomiczny i polityczny. Ze szkół usunięto naukę historii i geografii wprowadzono natomiast przymusowe nauczanie języka niemieckiego. Wprowadzono również przymusowe oddawanie kontyngentów zboża, bydła ziemniaków, ludzi wysyłano na przymusowe roboty do Niemiec. Prześladowana i terroryzowana przez Niemców ludność cierpiała na brak żywności, opału i odzieży. Nędzę dodatkowo potęgowała ciężka zima na przełomie roku 1941 i 1942, która spowodowała wyniszczenie ozimin.

Okres ten (1941/1942) to również początki organizowania się ruchu oporu. Wielu mieszkańców aresztowano i stracono za posiadanie lub przechowywanie broni. Na terenie gromady powstaje Armia Krajowa (AK), licząca 174 osoby, w tym 6 osób należących do Batalionów Chłopskich. Dochodzi do licznych walk z Niemcami.

W październiku 1943 r. pluton IV Kompanii AK, pod dowództwem "Kaliny" zaatakował granatami i ogniem karabinów, w lesie "na Olszawkach" trzy samochody z masłem konwojowane przez oddział Wermachtu, jadące szosą od Zakliczyna w kierunku Tarnowa. Samochody spalono, a ponad połowę masła zniszczono, resztę skonfiskowano. Zabito 7 kierowców, 4 zraniono a 3 wzięto do niewoli, których po rozbrojeniu wypuszczono. Partyzanci wówczas nie ponieśli strat.

W dniu 5 sierpnia 1944 r. trzech członków AK prawdopodobnie z Mościc zostało zatrzymanych przez Niemców w Rychwałdzie, na drodze w lesie Niemcy usiłowali wylegitymować partyzantów, z których jeden zranił nożem dwóch Niemców, ranny Niemiec z astrzelił partyzanta.

W dniu 8 września 1944 r. patrol AK pod dowództwem Mieczysław Podgórskiego zaatakował taksówkę niemieckiej policji, która wycofywała się, a na pomoc przybył oddział Wermachtu na samochodzie ciężarowym. Partyzanci z zasadzki podpalili samochód, 8 Niemców zastrzelono, 30 zostało rannych.

W dniu 16 stycznia 1945 r. grupa 9 osób z oddziału AK "Regina" pod dowództwem plutonowego "Majewskiego" - Tadeusza Makary na szosie Tarnów - Zakliczyn w "Olszawkach" zorganizowała zasadzkę na konwój niemiecki przewożący materiały wybuchowe. Granatami rozbito samochody, wszyscy Niemcy (około 20) zginęli, zaś szczątki ich ciał i szczątki samochodów siła wybuchu rozniosła po lesie w promieniu 1 km. Ocalał jedynie samochód osobowy z Niemcami, który wycofał się do Lubinki, tam prawdopodobnie okoliczni chłopi utopili Niemców w Dunajcu. Partyzanci w tym starciu nie ponieśli strat.

W dniu 17 stycznia 1945 r. grupa niezorganizowanej młodzieży z Łowczówka w liczbie 6 zaatakowała cofających się z frontu Niemców, którzy schronili się do okopów na wzgórzu, obok cmentarza legionistów w Łowczówku, skąd ostrzelali Polaków.

W 1941 roku rozebrano stary drewniany, kryty gontem kościół i przewieziono go do Żelichowa, rodzinnej miejscowości proboszcza parafii Pleśna ks. Józefa Boducha.